总部秘书处人员来自世界不同国家，日常工作语言为英文。所有成员均为雇佣制，包括最高管理者----秘书长。
- 秘书长任期三年，可连续聘用两期，共六年且最长任期为六年。
- 秘书长的去留由全球水伙伴主席与全球指导委员会委员决定。第一任期结束前，由上述人员统一开会讨论决定是否继续聘用，以”筹资能力；组织管理（包括总部及地区委员会）；机构影响力是否有提升；伙伴关系网络搭建和拓展能力；是否存在贪腐裙带行为；对秘书处人员管理是否存在种族、性别、国籍等歧视问题”为评估标准。
- 总部秘书处设有工会，工会主席不可指认，应由所有员工民主投票推选。经过投票选举出来的工会主席须保障员工利益，无额外报酬。当秘书长未履行职责伤害员工利益时，工会主席须代表员工与秘书长进行商谈，共同解决问题。
- 秘书处按照职能不同，共分为四大部门。各部门根据需要再下设2-5分支部门。
一、财务与行政部
- 主要职能：管理总部、地区及国家委员会的帐目和财务以及总部秘书处的行政事务监管。
- 主要构成：包含财务、人事、法务，行政后勤，共4个分支。
- 部门构成：部门主任1人；财务官员3人及财务部助理1人；法务、人事官员各1人；行政官员2人；秘书长特别助理1人。
- 财务管理：全球13个地区委员会均设有地区财务官，原则上国家委员会也有国家财务官。
1）以季度为单位，总部财务官员将当季财务拨款情况告知地区财务官，再由地区财务官按照年度预算规划对所有款项进行管理和记录。季末，地区财务官将本地区所有国家委员会的财务收支情况进行检查。再汇总为季度财务报告，提交总部财务官进行审核。
2）每年10月，根据地区活动规划，地区财务官负责制定下一年的地区财务预算，连同地区的总体规划书、项目计划书等一并提交总部审查。
3）年底前，地区财务官负责提交当年的财务报告，协助总部指定审计公司对本地区的财务管理进行审定。
4）对于地区财务官员，总部要求所有报告须准时提交。延迟上报将在年度工作会上被提醒。 - 人事法务：总部设有人力资源官和法务官，分别负责总部秘书处的人员聘用和组织法律事务管理的工作。
- 行政后勤：总部秘书处日常设备、物品、餐饮等物品购买与维护；总部秘书处成员的差旅管理；年度工作会议的筹划、运营与服务；年度指导委员会会议的准备、运作与服务等内容，提供相关的行政后勤保障支持。
二、网络部门
- 主要职能：这里的网络(network)并非狭义的互联网，而是组织内部地区与地区、地区与国家、国家与国家之间以及与外部的所有联系，称之为‘网络’。于个体，一般称作‘人脉’。
- 部门构成：部门主任1人，评估官员1人及5-7名网络官员。
1）目前共5名网络官员，分别负责欧洲、亚洲、非洲和南美洲等地区委员会与总部的联络工作，起到地区与总部沟通的桥梁作用。
2）网络官员还负责对其管辖的地区委员会的工作进程进行监督，包括既定活动、财务、通讯等工作，确保各地区委员会能够完成计划内容并达到援助国/组织的要求。
3）地区委员会或国家委员会如有跨地区合作的意愿，网络官员将根据实际情况进行处理。因而，网络官员之间也有工作交集的可能。
三、通讯部门
- 主要职能：组织对外宣传、组织形象的塑造与维护、知识产品的制作等。
- 主要构成：包括通讯传媒、知识管理、信息技术(IT)和成效监管，共4个分支。
- 部门构成：部门主任1人，通讯传媒官员2人，知识官员2人，信息官员1人。
1）全球13个地区委员会均设有地区通讯官员一名，主要负责本地区的传媒、信息处理、知识产品及成效管理工作。
2）地区通讯官负责本地区地区及国家的所有活动的计划、管理及总结。月末，负责整理地区当月的活动内容，向总部进行汇报。
3）地区通讯官对地区和国家委员会的所有活动进行新闻报道撰写，图片拍摄以及广泛宣传。
4）各地区均有独立的门户网站，现使用的最新版为第三版。地区通讯官负责本地区网站的搭建和维护，以及官网内容的更新和修订。
5）全球水伙伴属于知识输出型组织，因此知识产品也是组织赖以生存的内容。地区通讯官根据总部技术委员会和本地区的要求，定期开发有利于宣传地区研究成果的知识产品。此外，为全球水伙伴工具箱提供案例素材。
6）按照地区活动的计划，年底前将完成的成效进行评估，提交总部以便对所有援助国/组织进行汇报。
7）总部每年都将各地区的成果进行汇总，筛选成绩突出的内容出版，形成机构内部最具权威的读物《Annual Action Report》---《全球年度活动成效报告书》。地区通讯官负责将本地区年内所有的活动内容进行重新编写，以适应总部编选人员的要求。
8）地区通讯官根据IT官员的要求，负责本地区委员会秘书处的远程办公软件的运营与管理，定期辅导软件的使用与操作。
9）每年工作会上，各地区通讯官的月度工作报告以及网站访问量都是工作成效的评估指标。排名靠后的地区将会被提醒。
（2017年7月更新）