Las Asociaciones Nacionales para el Agua están formadas por las organizaciones miembro de cada país. Son autónomas y por tanto se autogestionan, manteniendo estrecho contacto entre sí por medio del Comité Directivo Regional, formado por los Presidentes de cada Asociación Nacional y el Oficial de Red de GWP para Sudamérica.
El Comité Directivo Regional está en permanente contacto y se reúne de manera presencial y virtual año fundamentalmente para dar seguimiento a los distintos temas y planificar las acciones a tomar. Se encarga además de impulsar la aplicación de las políticas y principios que rigen la organización y monitorear la labor del secretariado regional.
El Secretariado Regional es el órgano administrativo y ejecutivo de GWP Sudamérica y se encarga de implementar el plan de trabajo anual de la organización, de acuerdo a los lineamientos establecidos por el Comité Directivo.
Por otra parte, la Asamblea General es el órgano de mayor importancia jerárquica y constituye la instancia superior de toma de decisiones. Se reúne una vez cada dos años para aprobar el plan de trabajo y el presupuesto anual. Participan en esta reunión el Comité Directivo Regional, representantes de las Asociaciones Nacionales y organizaciones miembro, y personal del Secretariado Regional.