La loi d’orientation relative à la gestion des ressources en eau (2001) divise le pays en 4 bassins hydrographiques gérés par 5 Agences de l’Eau que sont les Cascades, le Gourma, le Liptako, le Mouhoun et le Nakambé. Ces agences contribuent à la mise en œuvre du PN/GIRE dans leur espace respectif.
L’Agence de l’Eau est un Groupement d’Intérêt Public (GIP), classée dans la catégorie des Entreprises Publics de l’Etat (EPE). Elle est convenue entre l’Etat, les collectivités territoriales et les usagers et a compétence sur un espace de gestion défini pouvant être l’ensemble d’un bassin versant ou une portion d’un bassin versant.
Les Agences de l’Eau ont pour mission :
- d’engager les acteurs de l'eau à la GIRE ;
- de traduire les orientations de la Politique Nationale en matière d’eau ;
- de promouvoir une utilisation rationnelle des ressources en eau, la lutte contre la pollution et la protection des milieux aquatiques ;
- de percevoir des taxes selon le principe « pollueur-payeur » ou « préleveur-payeur » ;
- d’apporter des aides financières diverses aux actions d'intérêt commun menées par les collectivités territoriales, les organisations socio-professionnelles et les usagers ;
- d’apporter l'assistance technique aux études, travaux, suivi - évaluation, exécution et toutes autres actions entreprises afin de lutter contre le gaspillage et la pollution de l'eau, selon le principe « celui qui protège mieux est aidé » ;
- de préparer, en application des Schémas Directeurs d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) et des Schémas d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE), des Plans Pluriannuel d’Investissement (PPI) ;
- de contribuer à la prévention et à la lutte contre les inondations et autres catastrophes naturelles liées a l'eau ;
- de collecter, développer et de diffuser les connaissances sur les ressources en eau et améliorer leur gestion ;
- de développer des partenariats avec tout organisme intervenant dans son domaine de compétence.
Selon Mme Nadine NARE/OURCECE, « l’Agence de l’Eau porte une grande ambition, et veut révolutionner la gouvernance [des] ressources en eau. Cette ambition est à la hauteur des problématiques des ressources en eau au Burkina. La gestion de ces ressources en eau, dans un contexte de Changements climatiques et de pressions anthropiques, nécessite l’implication de tous les acteurs de son espace. L’appui des partenaires techniques et financiers est indispensable pour l’atteinte [des] objectifs. D’où l’importance de développement du partenariat ».