Se construirá un modelo técnico y administrativo para la gobernabilidad de aguas, suelos, bosques y desarrollo municipal a nivel de la cuenca como unidad de gestión territorial. Además, el trabajo de la Comisión busca cumplir el artículo 97 de la Ley 620, “Ley General de Aguas Nacionales”, para la protección, conservación y destino de las aguas del Gran Lago de Nicaragua o Cocibolca, designándolo “Reserva Nacional de Agua Potable …del más elevado interés y prioridad nacional para la seguridad nacional..”
No obstante los dramáticos cambios que ha experimentado en los últimos años, el Gran Lago ha mantenido su nivel promedio desde finales del siglo XIX, sin considerer la permanente descarga de sus aguas por el Río San Juan. Sin embargo, el ecosistema y la calidad de sus aguas ha experimentado un progresivo deterioro, debido a la falta de gestión en su cuenca, evidenciada en erosión de suelos, contaminación por aguas servidas de poblaciones vecinas, efluentes industrials locales, aplicación irracional de agroquímicos en los cultivos aledaños, (arroz, caña de azúcar, plátanos, ganadería, etc.), y la descarga de variados elementos contaminantes acarreados por los tributarios en su cuenca.
La concertación de acciones por parte de autoridades del Gobierno Central y los Gobiernos Municipales, las asociaciones de productores privados, los Organismos No Gubernamentales, y la conciliación de intereses para las aplicaciones y usos de aguas y suelos, claramente sólo serán posibles a través de la Gestión Integrada de los Recursos Hídricos que transecta el sistema natural, político y administrativo en el territorio.