1977年蔡其华考入合肥工业大学水利系农田水利专业，开启了她与水结缘的一生。大学毕业后，她被分配到安徽省水利水电勘测设计院工作，其间她认真钻研业务，撰写发表了《系统分析在淮河干流防洪规划中的应用研究》《淮河干流洪水分析报告》等规划报告和学术论文，引起了同行的广泛关注。1991年，第二次大规模治理淮河拉开了序幕，当时已暂露头角的她被调入安徽水利厅综合计划处（治淮领导小组办公室），完成了从水利工程师向行政管理人员的角色转换。1995年，她以过硬的知识积累、专业素养和业务能力，以笔试、面试、综合考评三个“第一”通过安徽省厅级领导干部公开选拔，当选为安徽省水利厅副厅长。1998年，她担任安徽省水利厅厅长，是当时全国唯一一位女性厅长。2001年，她调任水利部长江水利委员会主任，也是长江委历史上第一任女性最高领导。2012年，她调任水利部副部长，分管政策法规、南水北调、机关党政等方面的工作。
被问到水利工作中遇到的最大困难和挑战时，蔡其华说有一句话她终身难忘。那是1998年长江大水时，时任国务院副总理、国家防总总指挥温家宝对她说的：其华，水官难当噢，历代封建王朝治水大臣最怕的是江河大堤决口，那可是要满门抄斩、株连九族的。一句听似轻松的话却让当时任安徽省防指常务副总指挥、水利厅长的蔡其华感到了肩上的重担。对她来说，如何将水旱灾害的损失降到最低，保障人民群众的生命财产安全就是最大的挑战。从收集雨情水情到组织专家研判，从奔赴现场指导到审慎作出决断，每一个环节都不容有失，稍有不慎就可能造成生民涂炭。1996年，长江大堤东至县广丰段杨墩站出现险情，她连续奋战了13个昼夜，克服了常人难以想象的困难。1998年长江发生了自1954年以来的全流域性大洪水，一次又一次来势凶猛的洪峰不断威胁着长沙大堤，蔡其华也在省防指的办公室里度过了一个又一个不眠之夜。在安徽省长江干流全线达到历史最高水位时，全省进入紧急防汛期，她三个月没回过家，吃住都在办公室。洪峰过后，时任安徽省委书记、省长的回良玉说，取得今年防汛抗洪的决定性胜利，水利厅功不可没。2008年汶川地震后，山体滑坡阻塞河道形成唐家山堰塞湖。若遇到强余震、暴雨，随时可能发生溃坝，对下游百姓的生命财产造成严重威胁。同时，由于堰塞湖水位不断上升，也存在淹没上游地区的危险。蔡其华带领长江委技术专家组第一时间赶赴现场。由于地震灾害，公路被毁，抢险的直升机到达唐家山堰塞湖上空根本无法着陆，蔡其华和其他技术专家只能从离地面2米多的位置跳机到达堰塞湖坝顶。通过实地查勘，技术专家组对水文、地质的资料做了分析，针对多发险情制定了应急处置方案并实时监测了实施效果。最终，下泄洪峰顺利通过绵阳市区，没有造成人员伤亡，取得了抗震抢险救灾的最终胜利。
唐家山堰塞湖排险现场
除了应对水害，她更希望化“水害”为“水利”，化“江河安澜”为“百姓福祉”。担任长江委主任后，面对新时期长江的治理开发与保护，她于2004年提出“维护健康长江、促进人水和谐”的健康长江理念，提倡“在开发中落实保护，在保护中促进开发”，成为长江治理开发长期坚持的一条基本原则。她在专著《健康长江》《长江的嘱托》中，系统论述了健康长江的内涵、总体思路以及维护健康长江的主要对策、措施和实践探索，科学回答了长江战略开发的一些关键性问题，不仅为从事长江治理开发和保护的工作者提供了指导，也为关注长江的各界人士提供了参考。
为呼吁全社会共同爱护长江、珍惜长江，她坚持用事实说话，主动回应社会关切，引导公众舆论。 她任长江委主任时，正是三峡工程规划建设运行的关键时期。面对社会各界的一些质疑，她通过《答十问三峡》直面回答了三峡引发地震、三峡造成严重干旱等敏感问题，对三峡工程的建议意义、防洪能力以及对生态环境的影响等做了全面详实的阐述。时任中央宣传部部长的刘云山对《答十问三峡》作了重要批示，认为其“对十大热点问题回应有理有据”。同年，中央电视台《面对面》栏目对蔡其华就这一主题进行了专访，让公众对三峡工程有了全面、科学、客观的了解。
让长江奔腾不息、绵延不断，既满足当代人的需求，又留给子孙后代一条健康的河流是她毕生的追求。卸任水利部副部长后，她还将担任中国水资源战略研究会理事长和全球水伙伴中国委员会主席，继续为水资源的合理开发、高效利用、综合治理、优化配置、全面节约、有效保护和科学管理贡献力量。
从古至今，做官难，做水官更难，女性当水官更是难上加难。蔡其华在繁忙的工作中平衡着生活和家庭，全力兼顾着领导、妻子和母亲的多重角色。听到她谈及幸福的家庭生活和多彩的业余生活，不觉感叹她充沛的精力和乐观的心态，相信内心的积极阳光也会庇佑她的人生碧水长流。