El documento se organiza en 7 apartados. El primero presenta e introduce el tema de la política pública de las aguas transfronterizas en la región Centroamericana; el segundo, contiene definiciones y alcances sobre qué podría entenderse por aguas transfronterizas; el tercero, esboza el estado de estas aguas en la región y se complementa con 25 fichas técnicas de cuencas de ríos y 5 de acuíferos cuyas aguas podrían considerarse transfronterizas. El cuarto apartado, describe como la tendencia mundial en este campo es la de cooperar; señala los convenios marco vigentes para aguas superficiales y la propuesta de articulado para los acuíferos transfronterizos; destaca la contribución de la costumbre, los principios generales del derecho internacional, la jurisprudencia y la doctrina de publicistas.
El quinto apartado titulado Evaluación de Beneficios de la Cooperación constituye el aporte más importante de este documento, porque permite conocer de qué se trata en sí el cooperar en esta materia y como los estados y sus pueblos pueden potenciar esta cooperación identificando claramente beneficios y afectaciones, actores, deberes, derechos y obligaciones. El sexto apartado señala los aspectos básicos sugeridos para convenir entre estados cooperar en la gestión y gobierno del agua, en donde la política pública exterior de los Estados es central; y el séptimo incluye una propuesta de diálogo para la región.
Este documento es unicamente un punto de partida para que las autoridades de SICA y los países ponderen la importancia del tema y actúen a favor de adoptar la gestión integrada de los recursos hídricos como medio para lograr el uso equitativo, eficiente y sostenido del agua, en función de generar condiciones favorables para la seguridad hídrica regional, de las aguas que pudieran considerarse como transfronterizas y de cada uno de los estados, a partir de un análisis robusto sobre los beneficios de la cooperación en materia de las aguas que pudieran considerarse transfronterizas por los estados de la región.